2015~2016的QS世界大学排行榜已经发表，日本排名最高的大学是38位的京都大学，东京大学39位紧随其后。
日本国内的大学除了东京工业大学和早稻田大学以外排名全部下降，进入世界前五十的学校也只有京都大学和东京大学而已。2014年以的粉86.7排在31位的东京大学，2015年下滑了八个位置，以84.8位于39名。2015年京都大学以微弱优势排在东京大学之上，以84.9分位于38名。然而，京都大学在2014年以84.7分位于36名的。
其他进入榜单的日本国内前十学校是东京工业大学(56)、大阪大学(58)、东北大学(74)、名古屋大学(120)、北海道大学(139)、九州大学(142)、早稻田大学（212）、筑波大学和庆应义塾大学排名相同都是219名。其中东京工业大学从2014年的世界68位上升了12名，日本国内排名也超过了大阪大学排名第三。早稻田大学由2014年的世界220位微弱的上升了1位。
QS把日本国内大学和其他亚洲国家的大学相比，分析出“日本的大学吸引留学生的魅力越来越小”，从得分上也可以看出，日本国内大学的国际学生国际学院方面得分很低并没有进入参考范围。日本的高等教育机关指出为了了实现“2020年为止迎接30万留学生”的政策和“G30倡议”的目标还有很多改善的余地。
QS研究部长Ben Sowter围绕日本的大学留学生和学术得分又进行了补充说明，以前流入日本的大学的留学生、叫受和研究费，现在都往中国、韩国、新加坡等新型研究系统流入了。
QS世界大学排名日本大学TOP5介绍
京都大学
京大从创校以来就有理重于文的传统，在全校的学部、研究所、教学与科研中心中理科明显占优势。一向注重于学术上的高标准，尤以理科著称，因而形成了自在特色的“京都学派”。先进的仪器设备和优良的研究环境为科学研究准备了得天独厚的条件，研究人员如鱼得水，因而无论在研究课题和研究成果上在日本均很有影响。
特色研究：
基础理论研究、核科学研究、医学教育与研究、人文科学研究、农学研究
东京大学
日本最高学术殿堂、帝国大学之首，在全球享有极高的声誉。东大培养了包括1名菲尔兹奖得主、6名沃尔夫奖得主、8名诺贝尔奖得主、16位日本首相、21位(帝国)国会议长在内的一大批学术名家、工商巨子、政经菁英，在日本国内的影响力和知名度都无可比拟 。
优势学科：
东京大学所有学科门类均无明显短板，在理学、医学、文学、工学、政治学等领域拥有世界级的学术影响力，在土木、建筑学领域更是居于最尖端队列。
东京工业大学
东工大是以工程技术与自然科学研究为主的日本顶尖、世界一流的理工科大学 。伴随着120年的光辉历史，东工大一直向着引领未来尖端科学技术的世界级理工科大学迈进。作为研究型大学，东京工业大学在学术研究、科研成果和教育教学等许多方面不仅在日本，在世界也享有盛誉。其毕业生中包括2010年诺贝尔奖得主白川英树等许多著名科研学者 。
大阪大学
作为一所有着悠久历史的日本旧帝国大学，紧靠日本经济中心和国际开放门户、全国第二大城市的大阪市，有着优越的与世界顶级科研机构进行学术交流的优势。大阪大学的校友涵盖了日本第一位诺贝尔奖得主，也诞生了沃尔夫奖、拉斯克奖、克拉福德奖得主，以及若干位盖尔德纳基金会国际奖、日本国际奖得主，其在科学研究等许多方面可谓人才辈出、享誉世界 。
东北大学
东北大学有着“尊重研究”的传统，并且代代相传，如金属材料研究所，在创造KS合金钢的本多光太郎博士带领下，坚持不懈数十年，全所有很多人获得文化勋章、文化奖、日本科学院奖、本多纪念奖等各种奖励。科学计测研究所的大型太阳炉不仅在日本、而且在世界上也非常著名，为日本能源研究作出了贡献。理学部、工学部、医学部培养出了不少优秀学者，如故布施先之在脑解剖、原校长本川弘一在脑波的基础研究方面获日本科学院奖。本村男也的病理学，加藤半治郎和中泽房吉的内科学，桂重次的外科学等均在日本医学界起开拓之功。工学部附属材料强度研究室的横堀武夫教授早在1971年就获日本科学院奖，该室研究人员在原子能、海洋开发方面的很多研究成果在日本国外杂志上发表。2014年10月，在日本最高等级学术奖学士院奖获奖者中，东北大学的毕业生在工程学科占全国大学的第2位，物理学、化学均战第3位，获奖人员仅次于东京大学、京都大学，而正在东北大学工作的获奖者，工程学、法学、政治学占第2位、物理学为第3位，在获奖频数上仍为全国大学第3位。
由于日本大学的考试制度与英语国家的区别，所以现在留学日本的主要途径还是通过语言学校。
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